Seit 1991 existieren in Bayern Notfallseelsorge-Systeme, über die zu jeder Zeit Seelsorger/innen zu Notfällen gerufen werden können. Die ersten Systeme wurden in den Landkreisen Kronach und Erlangen/Höchstadt aufgebaut.
Derzeit existieren in ganz Bayern NFS-Systeme auf Stadt- und Landkreisebene.
Im Jahr 2001wurden sie zu über 2.200 Einsätzen gerufen. (Statistik 2001 hier im pdf-Format)

Die Notfallseelsorge in Bayern wird ausschließlich von kirchlichen Seelsorger/innen getragen. 
Sie bringen ihre beruflichen und persönlichen Erfahrungen und Möglichkeiten ein, um den Betroffenen Personen zu helfen.
Nur ein Seelsorger hat eine 50% Beauftragung für die Notfallseelsorge, die anderen versehen diesen Dienst als Teil ihres normalen Dienstauftrags. (Ordnung für die NFS in Bayern hier im pdf-Format)
Jährlich werden Fortbildungen angeboten, in denen Seelsorger/innen sich zusätzlich qualifizieren können. Diese Fortbildungen werden immer in Zusammenarbeit mit Rettungsorganisationen gestaltet. Einige sind Fachausbildungen, die von den Rettungsorganisationen selber getragen werden (z.B. die Ausbildung zum Fachberater Seelsorge in der Feuerwehr).

Alarmiert werden die Seelsorger/innen durch die Leitstellen des Rettungsdienstes, der Polizei oder der Feuerwehr. In fast allen NFS-Systemen besteht eine zweifache Alarmierungsmöglichkeit:

• Die Leitstellen des Rettungsdienstes alarmieren den oder die „Seelsorger vom Dienst" (in größeren Landkreisen haben bis zu 4 Seelsorger gleichzeitig Rufbereitschaft). Hierbei handelt es sich um Seelsorger/innen, die ohne eine zusätzliche Ausbildung vor allem die innerhäuslichen Einsätze wahrnehmen (z.B. Überbringen einer Todesnachricht zusammen mit der Polizei oder Betreuen von Angehörigen nach einem plötzlichen Todesfall).
  
• Die Leitstellen der Polizei oder der Feuerwehr alarmieren den oder die „Beauftragte für Notfallseelsorge". Das sind Seelsorger/innen, die spezielle Ausbildungen im Bereich der Rettungsorganisationen durchlaufen haben und meistens Mitglieder einer Rettungsorganisation sind. Sie verfügen auch über persönliche Schutzkleidung. Die Beauftragten werden meistens zu außerhäuslichen oder besonders schwierigen Einsätzen gerufen (z.B. Wohnhausbrand, eingeklemmte Person, Person mit Suizidabsichten).

Bei größeren Einsätzen kann für Leitungsfunktionen oder zur logistischen Unterstützung ein „Leitender Notfallseelsorger" alarmiert werden, der die Seelsorger/innen vor Ort unterstützen kann. Er wird entlastet durch eine Nachalarmierungsstelle, die von der Communität Christusbruderschaft in Selbitz betrieben wird.

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